Il quartiere residenziale era composto da camere da letto (cubicula) e sale da pranzo (triclinia), aperte sul corridoio che correva lungo il lato ovest e sud-ovest del peristilio. Le stanze completamente scavate sono sette, e altrettante stanno venendo alla luce. Tutte conservano, più o meno bene, il pavimento a mosaico generalmente bianco e nero con decorazione geometrica o floreale. Il più rappresentativo tra i mosaici di Poggio del Molino è senza dubbio quello del triclinio, portato alla luce negli anni ’80. È noto come il mosaico della Medusa poiché al centro conserva un riquadro decorato con la testa di Medusa. Questa, leggermente rivolta verso destra, è realizzata in tessere policrome in pasta vitrea su fondo bianco; dai capelli spuntano coppie di serpenti, due dei quali si incrociano sotto il mento (attualmente non visibile per problemi di conservazione).

Il complesso termale era composto da due settori distinti, il laconicum e il quartiere termale canonico. Il laconicum aveva un corridoio d’ingresso che immetteva in uno spogliatoio, dotato di bacino per le abluzioni di acqua fredda; da qui si passava alla sauna, sudatorium, di cui restano in situ le colonnine in laterizi che sostenevano il pavimento riscaldato, o ad una sala quadrangolare, probabilmente un destrictarium o unctorium, arredato con letti per detergere e massaggiare il corpo con olii profumati.

Il quartiere termale vero e proprio si sviluppa lungo il corridoio settentrionale del peristilio, ma l’estrema porzione nord costruita a picco sul mare è franata giù. Attualmente sono stati riportati alla luce la sala per i bagni caldi (calidarium) con l’adiacente forno (praefurnium) e due vasche, una circolare ed una ellittica, per i bagni freddi (frigidarium).

Il quartiere domestico di Poggio del Molino si articolava intorno ad una piccola corte scoperta con un pozzo, una cisterna per lo stoccaggio dell’acqua e una piccola rimessa per gli attrezzi. Sui lati est ed ovest della corte correva un corridoio su cui affacciavano alcuni ambienti. L’unico interamente scavato è adiacente alla porta d’ingresso dell’insediamento ed è riferibile ad una cucina, di cui si conservano, oltre alla suppellettile, i pilastrini di laterizi che sostenevano gli archetti del bancone di cottura. Sebbene gli altri ambienti siano in corso di scavo, alcune strutture murarie messe in luce nell’ultima campagna fanno pensare che questo settore prevedesse un piano superiore, destinato probabilmente all’alloggio del personale domestico.

Le indagini mostrano che la villa subì un progressivo impoverimento a partire dalla metà del III secolo d.C. che culminò con il definitivo abbandono agli inizi del IV.