Gli scavi archeologici mostrano che la villa subì un progressivo impoverimento a partire dalla   metà del III secolo d.C. che culminò con il definitivo abbandono agli inizi del IV. Tra la fine del IV e la fine del V secolo, il sito fu abitato da una comunità impegnata nello smantellamento sistematico degli arredi della villa, in particolare marmi e oggetti  in metallo, per ricavarne calce e nuovi utensili. Numerosi indizi fanno ipotizzare la presenza di un luogo di culto, probabilmente cristiano, allestito nel quartiere residenziale della villa.