A fianco delle ancore sono esposti esemplari di anfore rinvenute nelle acque di Baratti, testimonianza degli intensi traffici che si svolgevano tra Populonia e i principali centri del Mediterraneo antico. Si riconoscono anfore di produzione magno-greca, greco-italica, massaliota (Marsiglia), brindisina, campano-laziale, betica (Spagna), utilizzate per il trasporto di derrate alimentari, vino, olio e salsa di pesce. Le più antiche risalgono al V secolo a.C., mentre le più recenti al II-III secolo d.C.